在击败四大天王完成主线剧情后，玩家首先需要将宝可梦图鉴升级至386版，这是解锁后续隐藏区域的基础。接下来前往火焰山右侧的山洞，利用怪力技能推动内部的石头以获取红宝石。将红宝石带回交付给大木博士，即可获得关键的船票道具。持有船票后，前往枯叶市的港口乘船，便能开启七岛区域的探索之旅，这些岛屿隐藏着丰富的剧情和稀有宝可梦。
七岛任务需要按顺序逐步解锁各个岛屿。从枯叶市港口出发，首先抵达4号岛，与商店旁房屋内的NPC对话后进入冰洞，这里需掌握登瀑布技能并注意冰面滑动规律。随后前往5号岛，使用冲浪术进入水域，获取波克比的蛋并完成迷宫挑战。6号岛要求用居合斩劈开障碍，触发蓝宝石相关剧情。7号岛可捕捉安侬，并最终返回华蓝市左侧山洞深处。8号岛和9号岛则藏有凤凰、洛奇亚和迪奥西斯等神兽，需要通过特定谜题才能接触。
超梦作为游戏中的顶级神兽，隐藏在华蓝洞窟最深处。解锁它必须满足两个核心条件：一是击败四大天王通关主线，二是完成七岛全部剧情以解锁全国图鉴。玩家还需确保队伍中宝可梦掌握了冲浪、碎岩和怪力等秘传技能，用于穿越洞窟内的各种障碍。超梦等级高达70级并拥有自我复原能力，建议提前准备地面系或幽灵系宝可梦进行克制，并携带足够的高级球或计时球以提高捕捉成功率。
除了七岛之外，游戏内还有如红莲岛的宝可梦大宅等隐藏场景。进入大宅后需直接上二楼启动石像，通过跳落缺口发现隐藏通道，并按照特定顺序交互机关来获取通关钥匙和稀有道具。阿斯卡纳遗迹则涉及环境谜题，玩家需观察周围线索并正确触发机制才能解锁前进路径。这些区域通常融合了视觉盲区和多次互动要求，需要耐心探索每个角落。
成功探索隐藏区域离不开秘传技能的合理配置，冲浪用于跨越水域，怪力用于移动巨石，闪光用于照亮黑暗洞穴，居合斩用于清除障碍。确保队伍中多只宝可梦分别掌握这些技能，避免单一个体无法应对复杂环境。同时携带黄金喷雾剂可以减少野生宝可梦的干扰，高级球和状态异常技能如催眠或麻痹能显著提升捕捉效率，充足的恢复道具则能保障长时间探索的持续性。
